नेपालको आर्थिक बिकासमा कृषि क्षेत्र अन्र्तगत बागवानी उपक्षेत्रको महत्वपूर्ण योगदान हुने बिषयलाई दृष्टिगत गरी बागवानी सुधार, प्रबद्र्धन, अनुसन्धान एवं विस्तार गर्ने उद्देश्यले बिक्रम सम्बत 2019 सालमा काठमाण्डौको कीर्तिपुरमा तत्कालिन श्री 5 को सरकार र भारत सरकारको संयुक्त प्रयासमा काठमाण्डौ अनुसन्धान बगैंचाको नाममा स्थापना भएको थियो । वि.स. 2020 सालमा यसलाई बागवानी अनुसन्धान केन्द्र, कीर्तिपुर नामाकरण गरियो । देशको चौतर्फी बिकासमा बागवानी बिकासको अपरिहार्यतालाई महसुश गरी मध्य पहाडी भागमा द्रुत गतिले फलफूल खेति सम्वन्धि अध्ययन, अनुसन्धान एवं उत्पादनतर्फ लक्षित गरियो । कृषि तथा सहकारी मन्त्रालय तथा कृषि विभाग अन्तर्गतका सवै अनुसन्धान आयोजनाहरुको योजना कार्यान्वयन, अनुगमन र सुपरिवेक्षण सम्वन्धि कार्य (राष्ट्रिय कृषि अनुसन्धान तथा सेवा केन्द्र) हालको नेपाल कृषि अनुसन्धान परिषद खुमलटारवाट गराउने गरी मिति 2044/7/25 मा तत्कालिन श्री 5 को सरकार मन्त्रिपरिषदको निर्णयानुसार मिति 2044/9/17 देखि यस केन्द्रलाई उक्त परिषद अन्तर्गत राखिएको थियो । आ.ब. 2046/047 मा यस केन्द्रको नामाकरण राष्ट्रिय बागवानी अनुसन्धान कार्यक्रम गरी तदनुसार यस कार्यक्रम अन्र्तगत गरिने कार्यक्रमको लक्ष्य तथा कार्यक्रमहरु बढी अनुसन्धान मुलक क्षेत्रमा प्राथमिकता दिईयो । पुनः मिति 2049/4/1 देखि यस कार्यालयलाई कृषि विकास विभाग (हाल 2052/4/1 देखि कृषि विभाग) अन्तर्गत राखी बागवानी केन्द्र, कीर्तिपुरको नामबाट कार्यक्रमहरु संञ्चालन हुँदै आई रहेकोमा बि.स. 2061 साल बैशाख महिना देखि लागु भएको नयाँ बिभागीय संरचना अनुसार यस केन्द्रलाई केन्द्रीय स्तरको प्राथमिकतामा राखी केन्द्रीय वागवानी केन्द्र, कीर्तिपुर नामाकरण गरिएको थियो । वर्तमान परीपेक्षमा देश संघीयतामा गएसँगै यो केन्द्र संघ अन्र्तगत रहेको र यसको नाम केन्द्रीय वागबानी केन्द्रबाट परिवर्तन भई समशितोष्ण वागबानी केन्द्र भएको छ।