वि.सं. 2023 सालमा कृषि विभागलाई 5 वटा विभागमा विभाजन गरी प्रथम पटक फलोद्यान विभाग गठन गरिएको थियो । वि.सं. 2029 सालमा पाँचवटा विभागलाई एउटै कृषि विभागमा पुनर्गठन गरियो । बागवानी बालीहरुको विकासका लागि फलफूल, तरकारी विकास शाखा र स्वतन्त्र रुपमा राष्ट्रिय सुन्तलाजात फलफूल विकास कार्यक्रम तथा राष्ट्रिय आलु बाली विकास कार्यक्रमको स्थापना पनि यसै सालमा भयो । वि.सं. 2047 सालमा कृषि विभागलाई पुनः विघटन गरी कृषि विभागवाट बागवानी विभाग अलग गरियो र 2049 सालमा विभागलाई पुनः एकै छाता मुनीको सिद्धान्त अनुरुप कृषि विकास विभागमा समायोजन गरी बागवानीलाई 2 वटा महाशाखामा विभाजन गरी फलफूल विकास महाशाखा र तरकारी विकास महाशाखाको गठन गरियो । त्यस पछि वि.सं. 2057 सालमा फलफूल र तरकारी विकास महाशाखाहरुलाई छुट्टाछुट्टै निर्देशनालयहरुमा रुपान्तरित गरी फलपफूल विकास निर्देशनालयको रुपमा रही आर्थिक बर्ष 2074 र 75 सम्म फलफूल, कफी, चिया, पुष्प सम्बन्धी विभिन्न कार्यक्रम संचालन हुंदै आएका थिए । फलफूल विकास कार्यक्रमको लागि केन्द्रीयस्तरमा प्राविधिक निर्देशनालयको रुपमा यसले मुख्य रुपमा नीति निर्माण, बिरुवा आपूर्ति व्यवस्था, तथ्याङ्क अद्यावधिक लगायत सुपरिवेक्षण, अनुगमन, निरीक्षण र समन्वयका कार्यहरु गर्दै आएको र राष्ट्रिय स्तरमा बागवानी विकास कार्यक्रमका समस्या समाधान तथा अवसरहरुको मार्गदर्शन लगायत बागवानी विकास सम्बन्धी अन्य प्राविधिक सेवाहरु पनि यसै निर्देशनालयवाट हुने गरेका थिए । आयात प्रतिस्थापन तथा निर्यात प्रवद्र्धन गर्ने किसिमले समय सापेक्ष कार्यक्रमहरु तर्जुमा गरी देशभित्र साविकका 75 वटै जिल्ला कृषि विकास कार्यालयहरु तथा 13 वटा फार्म केन्द्रहरु मार्फत फलफूल विकासका कार्यक्रमहरु अघि बढाइएको थियो ।